مباحث الوجود . الإمكان والوجوب والجبر والاختيار . العلّة والمعلول . الإمكان والفعلية الحركة والزمان . الحدوث والقِدم . الوحدة والكثرة . الماهية الجوهر والعَرض . الكون وربّ الكون الإلهيات بالمعنى الأخصّ . من أهمّ خصائص هذه المجموعة القيّمة أنّ نظرية المعرفة استأثرت بمساحة واسعة من مباحث الكتاب . فبعد أن فرغ السيّد الطباطبائي في المقالة الأُولى والثانية من بيان « معنى الفلسفة وحدودها والعلاقة بينها وبين العلوم الطبيعية والرياضية » دشّن بحثه بنظرية المعرفة وأولاها أهمّية متميّزة حين جعلها تتصدّر مسائل الفلسفة الأُخرى ، وعمل على ترتيب البحث فيها وفق ثلاثة محاور متسلسلة منطقياً ، تبدأ ب « قيمة المعرفة » ويليها « مصدر المعرفة » وتنتهى ب « حدود المعرفة » . مضافاً إلى تقديم البحث في نظرية المعرفة وما يتّصل بها من مسائل « الإدراكات » على غيرها ، فإنّها احتلّت مساحة هامّة من هذا الكتاب ، إذ انبسطت على معظم صفحات الجزء الأوّل وصفحات الجزء الثاني بتمامها ، فيما اشتملت الأجزاء الثلاثة الباقية على المسائل الأُخرى كافّة ، وبذلك يكون « أُصول الفلسفة » أوّل مؤلّف في الفلسفة الإسلامية يعالج مسألة المعرفة بهذه الكيفية ويوليها هذا القدر من التحليل والدراسة .